アメリカのとある街、深夜突如奇怪な放電と共に屈強な肉体をもった男が現れる。同じくして放電の中からもう一人の男カイル・リースが現れる。屈強な肉体を持った男はモラルや常識もない。あるのはただ1つの目的アメリカ人女性サラ・コナーという名の人物の殺害だった。電話帳名簿から「サラ・コナー」の名を持つ女性をかたっぱしから銃殺していく男。その頃カイルは目的のサラ・コナーと接触し間一髪で彼女を救う。カイルはサラに、サラを狙っているのは近未来から送られた人類殺戮ロボット「ターミネーター」であり、未来ではロボットの反乱による機械対人類の最終戦争が起こっている事、そしてサラは人類軍の希望のリーダー ジョン・コナーの母親である事を告げる。 サラを連れカイルはターミネーターからの逃亡を開始する。
未来からの抹殺兵器ターミネーターを破壊し、近未来で恐ろしい戦争が起こる事を知ってしまったサラ・コナー。カイルとの子供ジョンは母親から常にその戦争の話や戦いへの備えの話を聞かされていた。サラは周囲から変人扱いされ精神病院へ収容されジョンは親戚の家で暮らしていた。ある日ジョンの前に執拗にジョンを狙う不審な警官が現る。軌道を逸した警官の行動は明らかにジョンを殺害しようとしていた。殺されるその寸前、見知らぬ屈強な男が現れジョンを救う。彼は自らをターミネーターでありジョンを守るべく再プログラムされ未来から送り込まれたと告げる。ジョンは病院の母親を連れ出し、最終戦争を起こす原因であるコンピューターシステム「スカイネット」を破壊するため、ターミネーターと共にサイバーダイン社へ向かうが・・・
スカイネットを破壊、予見されていた最終戦争の日も過ぎたが、ジョンの心には母親から刷り込まれた戦争の話が無くなったとは思えず不安な毎日を過ごしていた。そんな中、未来より新たなターミネーターがジョンの仲間となる兵士達の抹殺のために送られてくる。新型ターミネーターT-Xは、ジョンを発見したことで、ジョン自身の殺害プログラムを優先し彼を追うが、たまたまいっしょにいた女性と共に別のターミネーターT-850に救われる。T-850は未来のジョンの妻ケイトによりリプログラムされ送られたのだった。ジョンとケイトは最終戦争開始の日である審判の日は回避することはできず、スカイネット自体も破壊を免れており起動を待ち軍事基地に現存している事を知らされる。スカイネット起動時間が迫るなか、ジョンとケイトは起動を阻止すべくT-850の指示のもと、アメリカ軍基地へ向かうが・・
“審判の日”から10年後の2018年。人類軍の指導者となり、機械軍と戦うことを幼いころから運命づけられてきたジョン・コナー。今や30代となった彼は、人類滅亡をもくろむスカイネットの猛攻が開始されようとする中、ついに人類軍のリーダーとして立ち上がることになる。
2029年。機械軍と人類の死闘は人類の勝利に終わりつつあった。だが、機械軍は人類の指導者ジョン・コナーの母サラを暗殺して歴史を書き換えるべく、殺人ロボット・ターミネーターT-800をタイムマシンで過去へ送る。一方人類側も、サラを救う任務に志願した青年カイルを過去へと飛ばす。カイルは計画通り1984年に到着するが、そこにはすでに未来を知って戦士となったサラと、彼女の守護者である別のT-800がいた。
人類滅亡の日である「審判の日」は回避されたが、まだ危機は去っていなかった。メキシコシティで父と弟とごく普通の生活を送っていた21歳の女性ダニーのもとに、未来から最新型ターミネーター「REV-9」が現れ、彼女の命を狙う。一方、同じく未来からやってきたという女性戦士グレースが、ダニーを守るためにREV-9と壮絶な戦いを繰り広げる。何度倒しても立ち上がってくるREV-9にダニーとグレースは追いつめられるが、そこへ、かつて人類を滅亡の未来から救ったサラ・コナーが現れる。