1998年11月4日 、湾岸署と勝どき署の中間の河川で水死体が発見される。司法解剖の結果水死体の胃の中から熊のぬいぐるみが発見され、事件は思わぬ方向に……。一方、警視庁副総監が自宅前で拉致される事件が起こり、湾岸署に捜査本部が置かれるが、所轄の刑事は一切捜査をさせないという方針に、激怒する青島。だが同時に、なんと湾岸署内で窃盗事件が起こる。
副総監誘拐事件から5年後の2003年の3連休の初日11月22日、湾岸署管内で婦女暴行事件とスリ事件が発生する。さらに管内で会社役員の他殺体が発見され、警視庁捜査一課は湾岸署に捜査本部を設置する。本庁初の女性管理官=沖田仁美警視正が本部長として指揮をとり、室井慎次警視正がそのサポートをすることになった。それと同時に警視庁が湾岸署管内に秘密裏に設置した監視カメラシステム「C.A.R.A.S.(Criminal Activity Recognition Advanced System)」による捜査も開始され、青島や同僚の恩田すみれがその任務に就くが、その監視網をあざ笑うかのように第2の殺人事件が起きてしまい、室井はその責任を取って、監視ルームに実質軟禁されることになる。
クリスマスイブの午後、大混雑している東京の地下鉄で東京トランスポーテーションレールウェイ(TTR)の最新鋭試験車両クモE4-600(通称『クモ』)が何者かに乗っ取られ地下鉄網を暴走し始めた。警視庁は緊急対策会議を招集、第1級テロの可能性ありと見た捜査一課の室井慎次管理官は、緊急対応メンバーの招集を指示、その司令塔として日本初の犯罪交渉人(ネゴシエーター)、真下正義課長率いる刑事部交渉課準備室CICチームをTTR総合司令室へ急行するよう命じる。
2005年2月某日、警視庁・室井管理官(柳葉敏郎)が、自らが指揮をとった殺人事件の捜査の責任をとらされ、逮捕されてしまう。警察庁と警視庁の確執が絡み、新城(筧利夫)や沖田(真矢みき)の尽力も虚しく、事態は最悪の状況になり……。
2010年3月28日。湾岸署は3日後の新湾岸署の開署にむけて、刑事課強行犯係の係長・警部補となった青島俊作の指揮の下、引越しの準備で騒然となっていた。 引っ越し作業の最中、管内でバスジャック事件とネットワークで管理された金庫がクラッキングでこじ開けられた銀行強盗事件が立て続けに発生。青島やすみれがそれぞれ現場に急行するが、どちらも「何も盗られていない」という妙な共通点があった。
2012年12月、湾岸署が管轄内で行われている国際環境エネルギーサミットの警護で慌ただしい中、その会場内で誘拐事件が発生、数時間後に被害者は射殺体で発見された。捜査会議が開かれるが、使用された拳銃が警察が押収した物の一つだと発覚したことから、その隠蔽のため、全ての捜査情報を鳥飼に文書として報告し、所轄には極秘状態という異例の捜査体制となる。 やがて捜査本部はある一人の男性に注目。本庁に類が及ばないよう、現場を知る所轄を信頼しているからと言葉巧みに湾岸署刑事課強行犯係を誘導して、この男を任意同行させ、捜査本部による自白強要によって被疑者に仕立てて事態収束を図るが、青島はそんな上層部達の不審な動きに気付いていく。そんな中、第二の殺人事件が発生、被害者が当時交渉課課長時代の真下も関わった6年前の誘拐殺人事件の被告で無罪判決を受けていたことが判明する。一方、独自に動いていた青島は鳥飼の策により、先だって捜査本部が逮捕した被疑者に対する「誤認逮捕」「自白強要」という冤罪を着せられて辞職勧告にまで追いやられ上層部に警察手帳を奪われる。一方で室井も事件の捜査本部長の任に就いた後に青島の責任を取る形での辞職が決定されてしまう。 そして真下の息子が誘拐される第三の事件が発生。警察手帳を取り上げられてしまった青島だったが、誘拐事件の発生を知り室井に報告し共闘を進言。室井はこれを受け入れて青島に捜査への参加を命令する。青島は室井からの命令を受けて人質救出・犯人逮捕に奔走。一方、捜査本部を率いる室井は本庁・所轄問わずに集められた情報から事件の真相へと近づいていく。
現場の捜査員のために粉骨し、警察の組織改革に挑むなど、波乱に満ちた警察人生を歩んできた室井慎次。27年前の“青島との約束”を果たせなかったことを悔やみ、警察を辞めて故郷・秋田に帰る。そこには、かつての想いで、少年たちと一緒に穏やかに暮らす室井の姿が。そんな中、室井の前に突如現れた謎の少女。彼女の来訪とともに、他殺と思われる死体が発見される。そして明かされる、少女の名前は…日向杏。シリーズ最悪の犯人と言われた猟奇殺人犯・日向真奈美(小泉今日子)の娘だという、衝撃の事実が判明する。「とんでもない死体を見つけましたね、室井さん。」東北の山奥には似つかわしくない、おびただしい数の警察官、ヘリや警察車両。「最悪」は何故室井慎次を狙うのか。穏やかな暮らしを求めた室井のまわりに、再び、事件の影が迫りくる。
現場の捜査員のために粉骨し、警察の組織改革に挑むなど、波乱に満ちた警察人生を歩んできた室井慎次。27年前の“青島との約束”を果たせなかったことを悔やみ、警察を辞めて故郷・秋田に帰る。そこには、かつての想いで、少年たちと一緒に穏やかに暮らす室井の姿が。そんな中、室井の前に突如現れた謎の少女。彼女の来訪とともに、他殺と思われる死体が発見される。そして明かされる、少女の名前は…日向杏。シリーズ最悪の犯人と言われた猟奇殺人犯・日向真奈美(小泉今日子)の娘だという、衝撃の事実が判明する。「とんでもない死体を見つけましたね、室井さん。」東北の山奥には似つかわしくない、おびただしい数の警察官、ヘリや警察車両。「最悪」は何故室井慎次を狙うのか。穏やかな暮らしを求めた室井のまわりに、再び、事件の影が迫りくる。