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突如出現した怪獣たちと彼らを倒すパワーを持つゴジラを相手に戦ってきた人類だが、次第に力を失い地球を脱出しようとする。人工知能によって選別された者たちが恒星間移民船・アラトラム号でくじら座タウ星eにたどり着いたが、そこは人類が生存するには過酷な環境であることが判明する。アラトラム号に乗る青年ハルオは移住の道が閉ざされたのを機に、地球に帰還して両親を殺した敵でもあるゴジラを倒そうと決意。長距離亜空間航行で2万年の歳月が流れた地球に戻るが、地上の生態系の頂点にはゴジラが位置していた。
舞台は19世紀のイギリス。科学技術が目覚しい発展を遂げていた時代。マンチェスターに住むレイは、オハラ財団に出向したため渡米している発明家の祖父ロイドと父エドワードと同じく、発明が好きな少年だった。
過去の「感染」よって、正常な機能を失い無秩序に、そして無限に増殖する巨大な階層都市。都市コントロールへのアクセス権を失った人類は、防衛システム「セーフガード」に駆除・抹殺される存在へと成り下がってしまっていた。都市の片隅でかろうじて生き延びていた「電基漁師」の村人たちも、セーフガードの脅威と慢性的な食糧不足により、絶滅寸前の危機に瀕してしまう。少女・づるは、村を救おうと食糧を求め旅に出るが、あっという間に「監視塔」に検知され、セーフガードの一群に襲われる。仲間を殺され、退路を断たれたその時現れたのは、“この世界を正常化する鍵”と言われている「ネット端末遺伝子」を求める探索者・霧亥(キリイ)であった。
炎を操る新人類バーニッシュの出現に端を発する惑星規模の発火現象である世界大炎上により、人口の半分が焼失してから30年が過ぎた世界。自治共和国プロメポリスでは、炎上テロを繰り返す過激派バーニッシュの集団マッドバーニッシュに対抗すべく、対バーニッシュ用装備を扱う高機動救命消防隊バーニングレスキューが消火活動を行っていた。 バーニングレスキューの新米隊員ガロ・ティモスは、火災現場でマッドバーニッシュの首魁である少年リオ・フォーティアと出会う。「燃えて消す」を流儀とするガロと「燃やさなければ生きていけない」と語るリオは、互いの信念をかけて熾烈な戦いを繰り広げる。 燃える魂をぶつけ合う二人の戦い、果たしてその先にあるものとは――
高校生の加藤勝は、地下鉄で起きた事件によって死ぬ。ところが次の瞬間、マンションの一室にいた。加藤はそこで、リーダーが不在の東京チームと一緒に火の手が上がる大阪に転送され、サバイバルゲームに参加することになる。大阪チームと遭遇し、妖怪型の星人軍団=百鬼夜行と戦いを繰り広げる加藤。一人で待つ弟のもとへ生還するため戦い抜く加藤の前に、大ボス“ぬらりひょん”が現れ……。
2010年夏。健二(神木隆之介)は高校2年生の草食系男子。数学オリンピックへの出場を逃し、夏休みの予定は世界中の金融やインフラを担うシステム“OZ”の保守点検をするバイトだけ。ある日、健二は先輩の夏希(桜庭ななみ)に頼まれ、長野県上田市にある彼女の実家に行くことに。憧れの先輩との旅に胸を躍らせる健二。しかし夏希は曾祖母・栄(富司純子)の誕生祝いのために親戚一同が集合した場で、突然、健二が自分のフィアンセだと紹介!実は、夏希が健二を連れてきたのは、病気がちな栄を安心させるための苦肉の策。うろたえながらも、健二はフィアンセのふりをすることになってしまう。個性豊かな面々が集まり賑やかな宴会がスタートするが、そこに曾祖父の隠し子・侘助(斎藤歩)が現れた。一族の異端児である侘助の登場で、楽しかった宴会の雰囲気は一変。さらに翌朝。仮想世界のOZが何者かによって荒らされ、現実社会でも各所で大混乱が勃発。しかも何故か、健二がその混乱を巻き起こした張本人だと報道されてしまい…!?
2029年、二度の大戦を経て、電脳化・義体化技術の発展した世界。新たな可能性の一方で、ゴーストハックや犯罪の多様化といった問題にも悩まされていた。 そんな中、他人の電脳をハックし人形のように使う「人形使い」が入国し公安9課は調査に乗り出す。
1988年、関東地区に新型爆弾が使用され、第3次世界大戦が勃発した――。2019年、ネオ東京。金田をリーダーとするバイクの一団は進入禁止の高速道を疾走していた。しかし、先頭にいた島鉄雄は突然視界に入った奇妙な小男をよけきれずに転倒、負傷する。小男と鉄雄は直ちに現れたアーミーのヘリに収容され飛び去ってしまった。翌日、鉄雄を捜す金田は、少女ケイと出会う。彼女は反政府ゲリラの一員で“アキラ”という存在を追っていた。その頃、鉄雄はアーミーのラボで強力なクスリを連続投与され、不思議な力を覚醒し始めていた…。