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2018年、正体不明の異星人たちが地球を侵略。それから9年後の2027年。世界の主要都市は異星人たち=統治者の支配下に置かれ、シカゴでは、そのかいらいと化したアメリカ政府が強権的な管理社会体制を築き上げていた。20歳の青年ガブリエルは、死んだ父の元同僚、シカゴ警察特捜司令官マリガンの世話を受けながら、ひそかに反体制のレジスタンス活動に従事。やがて彼は兄のラファエルらとともに爆弾テロを計画するが…。
1942年、ロサンゼルス上空で発光する謎の飛行物体25機を空軍のレーダーがとらえる。その後もブエノスアイレスやソウル、ロンドンでも未知の飛行体が目撃されたが、その真相は不明だった。そして2011年、これまで世界各国で確認されたUFO事件を通して人類を監視してきたエイリアンたちがついに侵略を開始し、ロサンゼルスで海兵隊と市街戦を繰り広げる。
1982年、南アフリカ共和国のヨハネスブルク上空に突如宇宙船が出現した。しかし、上空で静止した巨大な宇宙船からは応答や乗員が降りる様子はなく、人類は宇宙船に乗船しての調査を行うことを決定。知的生命体との接触に世界中の期待が集まる中行われた調査であったが、船内に侵入した調査隊が発見したのは、支配層の死亡と宇宙船の故障により難民となった大量のエイリアンであった。 乗船していたエイリアンたちは地上に移り、隔離地区である「第9地区」で難民として、MNU (英:Multi-National United) と呼ばれる超国家機関による管理・監視のもとで生活することになったが、文化や外見の違いから人間とエイリアン達との間では小競り合いが頻発する。人間達のエイリアンへの反発や差別は強まり、やがて彼等に対しては「エビ」(外見がエビ[=PRAWN]に似ているため)という蔑称が定着するようになった。 そして宇宙船出現から28年後、ついにエビ達を新たに用意された彼ら専用の居住区域である第10地区に移住させることが決定し、MNUの職員であるヴィカスは、立ち退き要請の同意を得るため第9地区を訪れるが、エイリアンの家で見つけた謎の液体を不注意により浴びてしまう。
舞台はハワイ沖。アメリカをはじめとする世界各国の艦艇が集結して大規模な軍事演習が行われるなか、沖合に正体不明の巨大な物体が出現する。それは、地球からの友好的な呼びかけに応じて飛来したエイリアンの母船だった。しかし、呼びかけを行った科学者たちの意図とは裏腹に、エイリアンは次々と未知の武器を繰り出し、激しい攻撃を仕掛けてくる。その戦いの最前線に立たされたのは、演習に参加していた米海軍の新人将校アレックス・ホッパーと、彼がライバル心を燃やす自衛艦の指揮官ナガタだった。弱点も戦略も読めないエイリアンに対し、知力と体力の限りを尽くして精鋭たちは立ち向かう!
貨物港でクレーンのオペレーターを勤めるレイ・フェリエは離婚して一人暮らししていた。離婚した妻がボストンの実家を訪ねる間、妻が引き取った子供、ロビーとレイチェルを預かったが彼らと打ち解けられずにいた。ある日の朝、稲妻が数十回も町の同じ場所に落ちると町中が停電し不気味な雲に覆われる中、レイは野次馬たちとともに落雷場所を見にいくと地中から巨大な機械が出現しレーザー光線で次々に人々を殺害し町を破壊してゆく。
近未来の地球。侵略者の激しい攻撃に、人類の軍事力ではもはや太刀打ちできなくなっていた。対侵略者の任務に就いたウィリアム・ケイジ少佐は、戦闘によって亡くなる。しかし、タイムループの世界にとらわれ、戦闘と死を繰り返す。そんな中、特殊部隊の軍人リタ・ヴラタスキと出会ったケイジは、彼女と一緒に何度も戦闘と死を繰り返しながら戦闘技術を向上させる。
タイムトラベラー達が緊急のメッセージを届けに2051年からやってきた。その内容は今から30年後の未来、人類はエイリアンとの戦争に敗れるというものだった。人類が生き残る唯一の希望は、今、ここにいる兵士や民間人を未来へ送り込み戦いに参加させること。娘のために世界を救うことを決意したダン・フォレスターは、地球の運命を書き換えるため、優秀な科学者と疎遠になっていた父親と結束し戦いに挑む。
7月2日。何の前触れも無く世界中の上空に姿を現した直径24キロに及ぶ巨大UFO。混乱の中、元戦闘機のパイロットであるアメリカ大統領ホイットモア率いるアメリカ・サイドは、交流を求めるためUFOとの交信を試みる。が、UFOからの容赦ない攻撃が開始され…