一人の男が処刑された。その男がルパン三世であることは、鑑識の結果確実だったが、当然銭形が信じるはずがない。銭形はルパンが埋葬されているドラキュラ城へと赴き、そこでルパンの生存を確認する。銭形はルパンを捕まえようとするが逃げられてしまう。ルパンはエジプトでピラミッドから「石」を盗み出した。その石は人間に永遠の生命を与えるとの言い伝えがある「賢者の石」と呼ばれるものだった。
ヨーロッパの小国カリオストロ公国。ニセ札の噂が絶えないこの国へやって来たルパンは、悪漢に追われるひとりの少女クラリスを助けるが、彼女は再び連れ去られてしまう。実はカリオストロ公国・大公家のひとり娘であったクラリスは、強引に結婚を迫るカリオストロ伯爵によって城に幽閉されていたのだ。ルパンは既に城内に忍び込んでいた不二子の手引きで城に潜入するのだが…。
ニューヨークの街角にある店に、一人の老婆が入ってきた。その店は、怪物のマスクを着用して夜通し騒ぎまくるナイトクラブ。その老婆、ロゼッタと顔なじみのルパンは、ゴリラに扮して上機嫌。だが、そこに届いた宅急便の中から銭形警部が現れ、ルパンはオートバイに乗って逃走する。それを追う銭形警部との激しいバイク逃走劇は、ブロードウェイの巨大な看板へと舞台を移していく。だが、その一部始終を苦々しく見つめている男達がいた。ニューヨークを牛耳るマフィアのボス、マルチアーノと若頭のコワルスキーだった。
飛騨の山奥にある神社で、石川五ェ門と墨縄家の跡取り娘である紫との結婚式が行われていた。いにしえの習わしに従い、墨縄家の壺が五ェ門に手渡されようとしたその時、覆面装束の一団が壺を奪おうと現れた。ルパン達の活躍で何とか壺を取り返したのもつかの間、花嫁の紫がさらわれてしまう。その壺には墨縄一族の先祖が残した財宝のありかが記されていた。 そして、それらを狙う風魔一族は、四百年もの間その財宝を狙っていた。それを知ったルパンたちは、墨縄家の隠し金庫から壺を盗み出して紫との交換へ向かう。
1999年第1の月、地中海で原子力潜水艦が爆発事故を起こす。その事故こそ、有名な予言者であるミッシェル・ド・ノストラダムスの残した預言書の第2章第3節にある「海を照らす太陽に似た灼熱のせいで、ネグロポントの魚が灰焼きにされよう」という予言が的中した証拠である、と新興集団であるノストラダムス教団の指導者ライズリーは観衆に説く。さらにライズリーは、「世界の滅亡は近く、その大災難から逃れるにはこの手にある“失われた予言書”に従うしかない!」と説く。一方、ブラジルのリオデジャネイロでは、サンバカーニバルが開催されていた。そのどさくさに紛れ、150万$のダイヤを手に入れたルパン三世は、銭形警部との鬼ごっこから逃れたアトランタ行きの旅客機の中で、ダイヤを隠した人形を生意気な少女ジュリアに奪われてしまう。
ズフ国は国王と王子パニシュが殺害されて以来、首狩り将軍による独裁政権が敷かれていた。将軍は国王が漂流島に隠したといわれる財宝を狙っていたが、今まで軍隊をもってしてもその財宝を手に入れられなかった。無数の白骨の転がるこの島にルパン達も足を踏み入れたが、島に備えられた驚異的な防御システムを前に撤退を余儀なくされたのだった。この島の防御システムの正体は何なのか。ルパン達はその鍵を握るとされる将軍の娘エメラに接近するが、銭形が仕掛けたおとり作戦にはまってしまい、アジトを将軍の軍隊に急襲される。
宝石店に怪盗キッドが現われ、コナンが追い詰めるも取り逃がしてしまう。だがコナンはいつものキッドと違う手口から、その正体がルパン三世の変装だったことを見抜く。そんな折、人気歌手エミリオが来日したというニュースが報じられるが、コナンは映像の中にルパン一味の次元大介の姿を見つけ、事件を予見する。やがてルパンから警察に宛て、米花町の銀行の金庫に眠る秘宝・チェリーサファイアをいただくという予告が届き……。
テレビシリーズ「LUPIN the third ~峰不二子という女~」に携った小池健が監督を務め「ルパン三世」の次元大介をメインに描くスピンオフ版のアニメーション。大泥棒ルパン三世の相棒である次元のキャラクターを掘り下げ、ルパンと次元がどのようにしてチームとなっていったかを映し出す。声優陣は栗田貫一、小林清志、沢城みゆき、山寺宏一らおなじみのメンバーが集結。ルパンと次元の絶妙なコンビネーションと共に、一層ハードボイルドになった作風にも期待が持てる。<あらすじ>秘宝リトルコメットを盗もうと東ドロアへ向かったルパン三世と次元大介。二人は秘宝を奪うことに成功するも、行先には必ず警察が待ち構えていて、さらに次元が撃たれてしまう。その後、とある墓地で次元大介の名が記された墓石を発見。ルパンと次元は、殺す前にターゲットの墓を用意するという殺し屋・ヤエル奥崎を捜すが.
日本。伊豆沖を進む賭博船で、襲撃された鉄竜会の組長を救ったのは、若き用心棒・石川五ェ門だった。だが直後に大爆発が起こり船が大破。組長も命を落とす。爆発の原因は斧を武器に使う大男だった。一旦は男を追いつめた五ェ門だったが逃げられてしまう。一方、賭博船から金を奪うことに成功したルパン三世と次元大介、峰不二子は、洋上のボートからその様子を目撃する。“バミューダの亡霊”―大男はそう呼ばれていた。かつて戦場で2,000人を殺戮した兵士でコードネームはホーク。なぜそんな男が日本にいるのか? 公安の銭形警部はホークの足取りを追う。そして、組長の葬儀の場で、裏切り者の汚名を掛けられた五ェ門も、その屈辱を晴らすためホークを追うのだった。その頃、ルパンたちは、伊豆山中のアジトで、札束を前に祝杯を挙げていた。そこに突如ホークが現れる! ホークの目的はルパン、次元、不二子の処刑であった。アジトを脱出したルパンたちの車とホークのバイクが激しくチェイス。と、いきなり巨木が倒れかかってくる!巨木の上に現れたのは、ホークを仇と追う五ェ門だった。「助太刀無用!」そう言い放つ五ェ門。ホークとの死闘が始まる。だが―‼
抜群の美貌とプロポーション、明晰な頭脳、そして巧みな話術や優れた身体能力で狙ったターゲットを手に入れてきた峰不二子。父親が横領した5億ドルの鍵を握る少年ジーンとともに逃走する不二子は、ジーンの父ランディの命を奪った殺し屋で、呪いの力によって人心を操るビンカムに追跡される。ランディが横領した大金を狙うルパン三世と次元大介の助けもあり、一度はビンカムの魔の手から不二子だったが.
かのアルセーヌ・ルパンが唯一盗むことに失敗した秘宝ブレッソン・ダイアリー。その謎を解き明かしたものは莫大な財宝を手にするといわれている。そんな伝説のターゲットを狙うルパンは考古学を愛する少女レティシアと出会い、2人で協力して謎を解くことに。しかし、ブレッソン・ダイアリーを狙う秘密組織の研究者ランベールと、組織を操る謎の男ゲラルトが2人の前に立ちはだかる……。ブレッソン・ダイアリーに隠された驚愕の真実とは一体!?