怪盗キッドから警視庁に犯行予告が届く。彼が狙うのは鈴木財閥の会長宅から見つかったロマノフ王朝の秘宝“インペリアル・イースター・エッグ”の新たな1個だった。鈴木会長から保護依頼を受けた探偵・毛利小五郎に同行し、コナンと蘭も会長宅のある大阪へと向かう。厳重な警備が敷かれる中、キッドは警察の裏をかく大胆な手口でエッグを盗み出すことに成功するが、ハンググライダーで逃走中に何者かに撃たれ、墜落してしまう。
舞台女優・牧樹里の元に、怪盗キッドから宝石“スター・サファイア”を盗み出すという予告状が届く。牧から宝石保護の依頼を受けた小五郎は、予告状の暗号からキッドが舞台公演中に現れると推理。宝石を守るため、小五郎、蘭、コナンたちは劇場を訪れるが、驚くべきことにコナンたちの前に工藤新一に扮したキッドが現われた。対峙する2人。コナンvsキッド。今まさに、宿命の対決に幕が切って降ろされようとしていた……。
謎の人物から横浜のテーマパークに招待されたコナンと蘭たち。だが皆が遊びに行く中、探偵毛利小五郎とコナンだけがホテルに残され、招待者からの依頼を明かされる。それは彼からのヒントをもとに、ある事件の謎を解いてほしいというものだった。ただし、12時間以内に解決できなければ、蘭たちが身に着けた腕時計型入園パスが爆発するという。コナンは同じく人質を取られた大阪の高校生探偵・平次らと協力して事件を追うが……。
怪盗キッドとの対決に執念を燃やす大富豪・鈴木次郎吉が挑戦状を叩きつけた。世界最大の飛行船ベルツリー号に収めた宝石“天空の貴婦人”を盗んでみよというのだ。制限時間は東京から大阪到着までの6時間。小五郎と蘭、コナンらも飛行船に招待されて乗り込んだ。大空を舞台に名探偵と怪盗の頭脳戦が始まったその時、テロ組織“赤いシャムネコ”が船を襲う。果たしてハイジャックの目的は? キッドとコナンの対決の行方は!?
焼失したはずの名画「ひまわり」がニューヨークのオークションに出品され、鈴木財閥が落札。そこへその名画を狙って怪盗キッドが出現。後日、「ひまわり」を乗せたジェット機が日本へ向かう空で突如爆発。名画はキッドに奪われてしまう。コナンによって「ひまわり」は奪還したものの、キッドは逃走。コナンはキッドらしくない手口に違和感を覚える。そんな中、7枚すべての「ひまわり」を集めた展覧会が開催されることになり……。
19世紀末に海賊船と共にシンガポール近海に沈んだとされる、世界最大のブルーサファイア“紺青の拳”。現地の富豪が回収を目論み、表舞台にその姿を現した時、マリーナベイ・サンズにて殺人事件が発生。現場には、怪盗キッドの血塗られた予告状が残されていた──。一方、シンガポールで開催される空手トーナメントを観戦する為、蘭と園子は現地を訪れていた。パスポートを持っていないので海外渡航できないコナンは留守番のはずだったが、彼を利用しようとするキッドの奇術的な方法により、強制的にシンガポールへ連れてこられてしまう。
北海道・函館にある斧江財閥の収蔵庫に、怪盗キッドからの予告状が届いた。今回キッドが狙うのは、幕末を生きた新選組副長・土方歳三にまつわる日本刀だという。ビッグジュエルを追い求めるキッドが、なぜ刀を狙うのか…? 一方、西の名探偵・服部平次とコナン達も、函館で開催される剣道大会の為に現地を訪れており、犯行予告当日、平次がキッドの変装を見事見破り追い詰めるが…!? 時を同じくして、胸に十文字の切り傷がつけられた遺体が函館倉庫街で見つかる。捜査線上に浮かび上がったのは、“死の商人”と呼ばれ、アジア一帯で武器商人として活動する日系アメリカ人の男。彼は戦時中の軍需産業に深く関わっていた斧江家初代当主が函館のどこかに隠したとされるお宝を探していた。それは、当時、日本の敗色濃厚だった戦況を一変させるほどの強力な兵器だという噂も…。 そして、そのお宝とキッドが狙う刀はどうやら関係があるようで、刀を狙うキッドに対し、謎の“剣士”の影が迫り… 刀に秘した“真実”が、闇夜を切り裂き、いま月下へと導かれる— 天下分け目のお宝争奪バトルミステリー、ここに開幕—!