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大政奉還が行われた1867年、260年余り続いた江戸幕府が倒れて諸藩は東軍(旧幕府軍)と西軍(新政府軍)に分裂する。翌年には鳥羽・伏見の戦いをきっかけに戊辰戦争へとなだれ込むが、越後の小藩である長岡藩の家老・河井継之助は冷静に事態を見守っていた。彼は東軍と西軍いずれにも属さない武装中立を目指し、和平を願い談判に挑むが...。
1853年のペリーの黒船来航以来、長らく続いてきた日本の鎖国制度の存続をめぐって江戸幕府の中で議論が沸騰。尊王攘夷を唱えた水戸藩主・徳川斉昭は、開国近代化を推し進める大老・井伊直弼の一派によって失脚の憂き目に遭い、以後も井伊は、安政の大獄を断行。これに憤った関鉄之介ら、水戸藩士たちは脱藩浪士となり、井伊暗殺の機会をうかがっていた。そして迎えた1860年、ついに彼らはその計画を実行に移す。
幼くして豊臣秀吉に才を認められた石田三成。やがて大名に取り立てられた三成は、自分の石高の半分を持って、猛将として名を馳せた牢人の左近を家来に請う。秀吉に忠誠を誓いながらも利害によって天下を治めることに疑問を抱き、正義で世の中を変えようとする三成の姿に興味を持った左近は二つ返事で配下に入る。一方、秀吉の体調がおもわしくない中、天下取りの野望を描く家康は秀吉恩顧の武将たちに言葉巧みに取り入っていく。
尾張の織田信長は、格好ばかりで「大うつけ」と呼ばれていた。この男の元に嫁いできたのは、「マムシの娘」と呼ばれる男勝りの美濃の濃姫だった。権威を振りかざし尊大な態度で濃姫を迎える信長と、臆さぬ物言いで信長に対抗する濃姫。敵対する隣国同士の政略結婚という最悪の出会いを果たした二人は、性格も真逆で、お互いを出し抜いて寝首をかこうと一触即発状態、まるで水と油のような関係だった。 そんなある時、強敵・今川義元の大軍が攻めて来る。圧倒的戦力差を前に絶望しかけた信長であったが、彼を奮い立たせたのは、濃姫の言葉であった。二人はともに戦術を練り、激論の末に奇跡的勝利を収める。真っ向から対立していた二人はこの日から次第に強い絆で結ばれ、やがて誰も成し遂げたことのない天下統一へと向かっていくのであった──。
天下統一を目指す豊臣秀吉は関東の雄・北条家に大軍を投じるも、その中には最後まで落ちなかった武州・忍城(おしじょう)と呼ばれる支城があった。その城には領民からでくのぼうをやゆした“のぼう様”と呼ばれ、誰も及ばぬ人気で人心を掌握する成田長親(野村萬斎)という城代がいた。秀吉は20,000の軍勢で攻撃を開始するが、将に求められる智も仁も勇もない、文字通りのでくのぼうのような男の長親は、その40分の1の軍勢で迎え討とうとする。
武州多摩の百姓の出である土方歳三。黒船が来航し開国を要求した江戸時代末期に、彼は“武士になりたい”という思いを胸に、近藤勇、沖田総司らと京都へ向かう。彼らは徳川幕府の後ろ盾のもと、新選組を結成し、土方は討幕派勢力制圧で多大なる活躍をみせる。
江戸時代末期。将軍・家慶の弟で明石藩主・松平斉韶(なりつぐ)の暴君ぶりは目に余った。斉韶は近く、老中への就任も決まっている男。幕府の存亡に危機感を募らせる老中・土井利位は、かねてより良く知る御目付・島田新左衛門に斉韶暗殺の密命を下す。さっそく、甥の新六郎をはじめ十一人の腕に覚えある男たちを集めた新左衛門は、後に加わる山の民・木賀小弥太を含む総勢十三人の暗殺部隊を組織、入念な計画を練り上げていく。しかし、斉韶の腹心・鬼頭半兵衛もまたその動きを抜け目なく察知し、大切な殿を守り抜くべく周到な準備を進めていた。