コナンら少年探偵団は、西多摩市にある完成間近の日本一高いツインタワービルに立ち寄った。最先端のハイテクビルには、その建設にからんで暗躍した怪しい面々が集っていた。そしてビル内で起きる第一の殺人。そんな中、コナンは信じられないものを目撃する。黒のポルシェ356A、コナン=工藤新一に毒を飲ませた男、ジンの愛車だ。“黒ずくめの組織”がここに? さらに灰原哀がひそかに何者かとコンタクトを取りはじめ……。
東京から長野まで、1都3県で6人が殺される事件が発生。いずれの現場にも、印の刻まれた麻雀牌が残されていたことから警察は広域連続殺人事件とみて捜査を始める。探偵・毛利小五郎も出席する捜査会議についてきたコナンは、捜査会議の後、黒ずくめの組織の車を目撃する。一連の事件と黒ずくめの組織との関連は? コナンは謎の組織を相手に危険な事件に立ち向かうことになる。
漆黒の夜、警察庁にスパイの女が侵入、公安警察の安室透が駆けつけるが、女は車で逃走する。だがそこへ現われたFBIの狙撃手・赤井秀一が放った弾丸により、車は橋の下へと転落して行った。翌日。リニューアルオープンした東都水族館へとやって来たコナンたちは、記憶を失った女性と出会う。彼女の目が左右で色の違うオッドアイであることを知った灰原は、女性が黒ずくめの組織のNo.2“ラム”ではないかとおびえるが……。
東京サミットの会場を予定していたリゾート施設エッジ・オブ・オーシャン"で大規模な爆発があった。現場を警備していた警察官が死傷したというニュースの中に、コナンは安室透の姿を見つける。一方、警視庁の捜査会議では現場の遺留品に小五郎の指紋があったことから、小五郎が容疑者として逮捕されてしまう。公安の捏造を疑うコナンは安室に問い詰めるが、安室の態度は冷たいもので……。安室透は敵なのか? そして事件の真実とは?"
東京・八丈島近海に建設された、世界中の警察が持つ防犯カメラをつなぐための海洋施設「パシフィック・ブイ」の本格稼働に向けて世界各国のエンジニアが集結。顔認証システムを応用した、とある新技術のテストも進められていた。一方、コナンら少年探偵団は、園子の招待により八丈島にホエールウォッチングに来ていた。そんなコナンのもとへ沖矢昴(赤井秀一)から、ユーロポール職員が、ドイツでジンに殺害されたという電話が入る。不穏に思ったコナンは「パシフィック・ブイ」に潜入するが、施設内でひとりの女性エンジニアが黒ずくめの組織に誘拐される事件が発生する。そして、八丈島に宿泊していた灰原のもとにも黒い影が忍び寄り......。