東京の街を一望できるベルツリータワーのオープニングセレモニーで絶景を楽しむコナンたちの目の前で男が狙撃される。コナンは女子高校生探偵の世良真純とともに犯人を追うが、惜しくも逃げられてしまった。超長距離からの狙撃という前代未聞の事態に、ある事件との関連を疑う米FBIと日本の警察との合同捜査が開始される。やがて、捜査線上に米海軍特殊部隊シールズに所属していた狙撃手が浮かび上がり……。
漆黒の夜、警察庁にスパイの女が侵入、公安警察の安室透が駆けつけるが、女は車で逃走する。だがそこへ現われたFBIの狙撃手・赤井秀一が放った弾丸により、車は橋の下へと転落して行った。翌日。リニューアルオープンした東都水族館へとやって来たコナンたちは、記憶を失った女性と出会う。彼女の目が左右で色の違うオッドアイであることを知った灰原は、女性が黒ずくめの組織のNo.2“ラム”ではないかとおびえるが……。
その正体は謎に包まれ、それぞれが複雑に絡みあう危険な一家・赤井ファミリー。来葉峠で死亡したと思われていた赤井秀一を中心に、これまで断片的に明かされてきた世良真純、羽田秀吉、メアリー、それぞれのパーソナリティや見どころをクローズアップし、その関係性を紐解いたTVアニメシリーズ特別総集編。クライマックスは、来葉峠で赤井秀一が華麗な復活を果たす「緋色」シリーズ。とある事件の中、赤井秀一の宿敵・安室透/バーボンが、FBIより“手がかり”を聞き出した序章。安室透は赤井秀一と沖矢昴の関係を厳しく追及する。比類なき頭脳が交錯する攻防戦の果て、観る者全てに衝撃を与えた赤井の帰還。そして一連の“不在証明劇”真相の背後には、コナンの姿が―。
4年に1度開催されるスポーツの祭典、WSG(ワールド・スポーツ・ゲームス)の東京大会の開会式に併せて、最高時速1,000キロメートルという世界初の真空超電導リニアが開通することが発表される。世界から注目される中、WSGの大会スポンサーが集うパーティー会場から大企業のトップたちが誘拐されてしまう。コナンが解決に向けて動き出し、やがてアメリカのボストンで15年前に起きたWSG連続拉致事件との関連性を見いだす。