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伝統が息づき、国内外から大勢の観光客が訪れる京都で生まれ育った赤田孝豊(高杉真宙)は、どこにでもいそうな高校2年生。将来への漠然とした不安を抱きつつ、思春期真っ盛りの同級生たちとの日常や、幼なじみのみこと(葵わかな)へのひそかな恋などを経験しながら、少しずつ成長していく。
京都に暮らす内気な男子高校生・直実の前に、10年後の未来から来た自分を名乗る青年・ナオミが突然現れる。ナオミによれば、同級生の瑠璃は直実と結ばれるが、その後事故によって命を落としてしまうと言う。「頼む、力を貸してくれ。」彼女を救う為、大人になった自分自身を「先生」と呼ぶ、奇妙なバディが誕生する。しかしその中で直実は、瑠璃に迫る運命、ナオミの真の目的、そしてこの現実世界に隠された大いなる秘密を知ることになる。
京都で三人の女たちが暮らし始める。ウイスキーしか置いていないバーを営むセツコ、疎水沿いにコーヒーやを開くタカコ、そして、水の中から湧き出たような豆腐を作るハツミ。芯で水を感じる三人の女たちに反応するように、そこに住む人たちのなかにも新しい水が流れ始める。家具工房で働くヤマノハ、銭湯の主人オトメ、オトメの銭湯を手伝うジン、そして“散歩する人”マコト。そんな彼らの真ん中にはいつも機嫌のいい子ども、ポプラがいた。
古都・京都。お茶屋・万寿楽にある夜、絶対に舞妓になりたいと少女・春子が押し掛けてくる。春子は必死で頼み込むが、誰も相手にしようとしない。ところが偶然その様子を目にした言語学者の「センセ」こと京野が、鹿児島弁と津軽弁が混ざった彼女に関心を寄せたことから、晴れて万寿楽の仕込み(見習い)になる春子だった。
京都の美大に通う高寿は、いつも通りに大学へ向かう電車の中で愛美と出会い、ひと目見た瞬間、恋に落ちる。勇気を振り絞って声を掛け、また会う約束を取り付けようとした高寿だったが、それを聞いた彼女は突然涙してしまう。愛美のこの時の涙の理由を知る由もない高寿だが、不器用な自分を受け入れてくれた彼女にますます惹かれていく。そして初めてのデートで告白した高寿は、OKをくれた彼女との交際をスタートさせる。
2007年11月、修学旅行で迷子になった際に舞妓さんに助けられたことがきっかけで、舞妓と遊ぶことを夢見続けている食品会社鈴屋食品の社員鬼塚公彦。実際にお座敷に上がったことはないが、舞妓を応援するサイトを運営しており、舞妓に対する情熱を持ち続けている。そんな中、人事異動により、「かやく工場」と呼ばれる京都支社に転勤となり、念願の舞妓遊びができると意気込むが…
郵便局の窓口で働くハジメは、何をするにも人よりワンテンポ早い。ある日、彼は路上ミュージシャンの桜子に出会い、彼女のまっすぐな歌声にひかれて恋に落ちる。必死のアプローチの末にどうにか花火大会デートの約束を取りつけたものの、目覚めるとなぜか翌日になっていた。やがてハジメは、郵便局に毎日やって来るワンテンポ遅いレイカが“消えた1日”の鍵を握っていることを知る。
京都。冴えない毎日を過ごす大学生の青年“先輩”は、後輩の“黒髪の乙女”に想いを寄せるが、生来の奥手で気持ちを直接伝えることなどできず、「なるべく彼女の目にとまる作戦」=ナカメ作戦なる回りくどい計画でむなしく彼女の気を惹こうとしていた。そんな彼の気も知らず、天真爛漫な“乙女”は、好奇心の向くまま夜の先斗町を歩き回っては珍妙な人や事件に遭遇し、彼女を追う先輩もまた、さまざまな騒動に巻き込まれていく。